يتبع الفيلم أحداث الجزء الأول بوقت قصير. توماس (ديلان أوبراين)، تيريزا (كايا سكوديلاريو)، نيوت (توماس برودي سانغستر)، وبقية أعضاء الفريق الذين كتبت لهم النجاة من المتاهة، الآن مع جانسن (ايدين وجيلن)، الذي يعدهم بحمايتهم من المنظمة (ويكيد) التي أسرتهم في المتاهة. يلتقي الفريق بأولاد ومراهقين من متاهات أخرى، ومع مساعدة الصديق الجديد، آريس (جاكوب لوفلاند)، يكتشفون أسرار غير مطمئنة، ليقرروا الفرار من سيطرة جانسون. ومرة أخرى يجدون أنفسهم مضطرين للعدو والهرب، في تجربة مليئة بالعقبات التي لا يمكن تصورها، متحدين مع هورهي (جيانكارلو اسبوزيتو) ومساعدته بريندا (روزا سالازار)، في سبيل العثور على المقاومة السرية.